(一)、不体现管理费用的会计处理
例：新望建筑公司以某省路桥工程公司的名义，与甲方某某公路建设管理处签订了一条公路的建筑施工合同，合同总价5000万。新望建筑公司与某省路桥工程公司挂靠协议约定，新望建筑公司按合同总价的4.5%支付某省路桥工程公司挂靠费，相关营业税金及附加由新望建筑公司自行负担，以某省路桥工程公司名义缴纳。
首先说被挂靠公司-某省路桥工程公司的账务处理：
1、收到甲方建管处工程结算款，根据结算单、进账单据处理
借：银行存款 5000
贷：工程结算 5000
2、收到新望公司成本票据，比如3800，并拨付款项
借：工程施工-合同成本 3800
贷：应付账款-新望建筑公司 3800
借：应付账款-新望建筑公司 3800
贷：银行存款 3800
3、 开具建安发票5000给甲方，做收入及税金计提
借：主营业务成本 3800
工程施工-合同毛利 1200
贷：主营业务收入 4587.16
贷：应交税费-应交增值税-销项税额=5000/（1+9%）*9%=412.84
借：税金及附加 412.84*11.5%=47.48
贷：应交税费-城建税 412.84*7%=28.90
应交税费-教育附加 412.84*3%=12.39
应交税费-地方教育附加 412.84*1.5%=6.19
4、 结转工程施工和工程结算
借：工程结算 5000
贷：工程施工-合同成本 3800
贷：工程施工-合同毛利 1200
再说挂靠公司-新望建筑公司的账务处理：
1、实际施工，发生建筑单据成本支出，根据某省路桥工程公司签收的成本单据移交单(挂靠公司的各种成本支出单据，须以被挂公司-某省路桥工程建筑为抬头取得，否则，被挂公司将拒绝接收。)
借：应收账款-某省路桥工程 3800
贷：银行存款 3800
2、经计算，应收某省路桥工程公司工程结算款5000-5000*(4.5%+3.36%)=4607，而本公司实际发生支出为3800，其差额作为应收账款处理，贷方则作为营业收入缴纳相应税金。因此，此时新望建筑应该开具建安发票807给某省路桥工程建筑以取得该笔款项的回收，否则，某省路桥工程公司因为没有相应成本票据而无法做账。
借：应收账款-某省路桥工程 807(4607-3800)
贷：主营业务收入 807
3、 收到某省路桥工程建筑划拨工程结算款4607
借：银行存款 4607
贷：应收账款-某省路桥工程 4607
从上述处理，可以看出，被挂靠公司某省路桥工程建筑收取的挂靠费5000*4.5%实际是没有单独计税的，实际上，这种业务相当于某省路桥工程公司的一个内部结算，新望建筑公司此时仅仅是某省路桥工程公司的一个内设施工队伍，根据实质重于形式原则，它不属于增值税征收范围。当然，这是基于挂与被挂双方的协议约定，明确了彼此的法律责任及纳税义务的。如果被挂公司不承担法律责任，以及对外不负有纳税义务，则挂靠公司就是纳税义务人，那么，被挂公司收取的挂靠费就要按服务业缴纳营业税。
(二)、体现管理费用的会计处理
按照(一)中的案例，会计处理如下：
首先说被挂靠公司-某省路桥工程公司的账务处理：
1、收到甲方建管处工程结算款，根据结算单、进账单据处理
借：银行存款 5000
贷：工程结算 5000
2、收到新望建筑公司工程发票4607万元，5000-5000*(4.5%+3.36%)=4607万元，并拨付款项
借：工程施工-合同成本 4607
贷：应付账款-新望建筑公司 4607
借：应付账款-新望建筑公司 4607
贷：银行存款 4607
3、 开具建安发票5000给甲方，做收入及税金计提
借：主营业务成本 4607
工程施工-合同毛利 393
贷：主营业务收入 5000
借：主营业务税金及附加 5000*3.36%=168
贷：应交税金-营业税 5000*3%=150
应交税金-城建税 150*7%=10.5
其他应交款-教育附加 150*3%=4.5
其他应交款-地方教育附加 150*2%=3
4、 结转工程施工和工程结算
借：工程结算 5000
贷：工程施工-合同成本 4607
工程施工-合同毛利 393
5、确认管理费收入：5000*4.5%=225万元，开给新望建筑公司管理服务费发票，
借：应收账款--新望建筑公司 225
贷：其他业务收入 225
计提税金：
借：其他业务支出 12.61
贷：应交税金-营业税 225*5%=11.25
应交税金-城建税 11.25*7%=0.79
其他应交款-教育附加 11.25*3%=0.34
其他应交款-地方教育附加 11.25*2%=0.23
再说挂靠公司-新望建筑公司的账务处理：
新望建筑公司的所有成本支出以自己单位名义实施，按照4607万元确认工程收入，具体会计处理此处不在赘述。
需要强调的是，收到某省路桥工程公司的管理服务费发票时的会计处理：
借：工程施工--合同成本--间接费用 225
贷：其他应付款---某省路桥工程公司 225
这样的会计处理下，分包给新望建筑公司的4607万元，新望公司提供建筑业发票，同时某省路桥工程公司也就工程合同金额5000万元，缴纳了营业税金及附加，按照营业税的分包差额纳税的规定，这里有一个税务部门能不能认可的问题，如果能够认可，则差额纳税，否则，则会全额纳营业税金及附加，也就是说4607万元可能会被两次纳税。另外，挂靠管理服务费某省路桥工程公司开具了服务业发票，缴纳了税金。可见(二)的会计处理方式没有(一)的会计处理方式的税收负担轻，这样的方式不可取。
以上内容仅供参考，营改增以后，分包的合同很关键。
