根据《财政部　国家税务总局关于安置残疾人员就业有关企业所得税优惠政策问题的通知》（财税〔2009〕70号）第三条规定:“企业享受安置残疾职工工资100%加计扣除应同时具备如下条件：（一）依法与安置的每位残疾人签订了1年以上（含1年）的劳动合同或服务协议，并且安置的每位残疾人在企业实际上岗工作。（二）为安置的每位残疾人按月足额缴纳了企业所在区县人民政府根据国家政策规定的基本养老保险、基本医疗保险、失业保险和工伤保险等社会保险。（三）定期通过银行等金融机构向安置的每位残疾人实际支付了不低于企业所在区县适用的经省级人民政府批准的最低工资标准的工资。（四）具备安置残疾人上岗工作的基本设施。”根据以上，残疾人工资在企业所得税汇算清缴的加倍扣除，与个税申报是没有关系的，所以你说的问题不会影响汇算清缴时候的加倍扣除。若单位为残疾员工申报个税预扣预缴时因为未填写残疾号等原因未享受税收优惠，可以在办理综合所得年度汇算时享受优惠。