首先铁路部门只对总公司，所以只能总公司给铁路部门开票了。但是你们可以直接开票给总公司，但要注意一下几个问题：分公司和总公司互相开票是可以的，分公司和子公司不同，分公司是独立的增值税纳税主体，分公司为总公司或其他分公司提供了服务或销售了产品，应当正常申报纳税并向对方开具发票，但切记可别乱开票，开票的基础依然是业务。不过也要注意以下2点：1、分公司和总公司之间的业务必须真实，不真实的业务，开票就变成了虚开。而由于分公司和总公司是强关联关系，税务机关会关注这个业务真实性背后的合理性，比如价格的约定、双方利润空间的设定等。2、分公司和总公司双方除了开具发票，一定要有完整的证据链证明业务的真实合理，必要的合同、付款、发票及其他相关证据一定要保存好。依据上述要求，你们可以和总公司签订相关的合同和开具发票，同时以该发票分公司做收入处理；总公司作为劳务发票计入成本费用或项目成本科目。

感谢老师的解答，现在主要是分公司开票纳了一道3%的增值税，然后总公司开票给铁路部门又纳一次税，这样同一工程交了两次增值税，根据税总公告2019年第31号文中：七、关于建筑服务分包款差额扣除纳税人提供建筑服务，按照规定允许从其取得的全部价款和价外费用中扣除的分包款，是指支付给分包方的全部价款和价外费用。那总公司缴纳增值税可不可以把分公司的分包款扣除后纳税呢？

老师好，总公司实行差额征税后开给铁路局的发票，需要差额开票吗？铁路还可以实行差额征税吗？