《个人所得税法》及其实施条例都是对于缴纳的社保和住房公积金在个人所得税前扣除的一般规定，对于补交的情形并没有明确。实务操作中部分地方税务机关的处理，仅供参考，建议咨询当地的相关规定。
国家税务总局厦门市12366纳税服务中心答复：一次性补缴多月的社保费，应在对应月份分别扣除，而不是一次性在一个月扣除。
《广西壮族自治区地方税务局关于补缴住房公积金、基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费有关个人所得税问题的通知》（桂地税发[2006]40号）规定，个人按照规定补缴的基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、住房公积金，允许从其提出申请当月的工资、薪金所得中扣除，不足扣除部分允许在以后月份工资、薪金所得中逐月扣除。
