（一）增值税：按照视同销售征税
根据《财政部、国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）第十四条，“下列情形视同销售服务、无形资产或者不动产：……（二）单位或者个人向其他单位或者个人无偿转让无形资产或者不动产，但用于公益事业或者以社会公众为对象的除外”，第四十四条，“纳税人……发生本办法第十四条所列行为而无销售额的，主管税务机关有权按照下列顺序确定销售额：（一）按照纳税人最近时期销售同类服务、无形资产或者不动产的平均价格确定。（二）按照其他纳税人最近时期销售同类服务、无形资产或者不动产的平均价格确定。（三）按照组成计税价格确定。组成计税价格的公式为：组成计税价格＝成本×（1＋成本利润率）”。
一方面，增值税的纳税主体不区分企业和事业单位，而是一视同仁将任何销售货物、服务、无形资产、不动产的单位都列为纳税人。另一方面，增值税征税对象虽然是应税销售行为，但在立法技术上，将无偿转让也作为“视同销售”处理。同时，因无偿转让实际上没有销售额，还特别规定了销售额的确定方法。实践中，无偿转让又通常扩大解释为包括任何无偿的资产权属转移的行为。因此，事业单位国有资产无偿划转应归入视同销售之列课征增值税。
（二）企业所得税：按照视同销售征税
根据《国家税务总局关于企业处置资产所得税处理问题的通知》（国税函〔2008〕828号）第二条，“企业将资产移送他人的下列情形，因资产所有权属已发生改变而不属于内部处置资产，应按规定视同销售确定收入。……（六）其他改变资产所有权属的用途”。根据《国家税务总局关于企业所得税有关问题的公告》（国家税务总局公告2016年第80号）第二条，“企业发生《国家税务总局关于企业处置资产所得税处理问题的通知》（国税函〔2008〕828号）第二条规定情形的，除另有规定外，应按照被移送资产的公允价值确定销售收入”。
企业所得税方面的主要问题在于事业单位是否构成“企业”。根据《企业所得税法》第一条，“在中华人民共和国境内，企业和其他取得收入的组织（以下统称企业）为企业所得税的纳税人，依照本法的规定缴纳企业所得税。个人独资企业、合伙企业不适用本法”。根据《企业所得税法实施条例》第三条第一款，“企业所得税法第二条所称依法在中国境内成立的企业，包括依照中国法律、行政法规在中国境内成立的企业、事业单位、社会团体以及其他取得收入的组织”。由此可见，企业所得税法中的“企业”，并未采用和民商法同样的解释，而是和民商法中的企业互有交叉。一方面，存在民商法中属于企业、但企业所得税法中不属于企业的主体，例如合伙企业、个人独资企业；另一方面，存在民商法中不属于企业，但企业所得税法中属于企业的主体，例如事业单位、社会团体、其他非企业组织。可以明确的是，事业单位属于企业所得税语境下的企业，各类规范企业所得税的部门规范性文件，未作例外说明的，同样适用于事业单位。
在征税对象方面，因国税函〔2008〕828号明确使用了“改变资产所有权属”这一概念，导致企业所得税应税范围无限扩大。这里就避免了法律解释的争议，无论是资产转让还是资产划转，都可以引起资产所有权变更，也都需要缴纳企业所得税。在计税依据方面，则统一按照公允价值确认收入。综上，事业单位国有资产无偿划转属于企业所得税应税范围。
（三）土地增值税：不属于征税范围
根据《土地增值税暂行条例》第二条，“转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物并取得收入的单位和个人，为土地增值税的纳税义务人，应当依照本条例缴纳土地增值税”。根据《土地增值税暂行条例实施细则》第二条，“条例第二条所称的转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物并取得收入，是指以出售或者其他方式有偿转让房地产的行为。不包括以继承、赠与方式无偿转让房地产的行为”。
在土地增值税方面，问题变得比较复杂，主要原因在于土地增值税立法存在严重的不周延问题。结合上述规定，有偿转让房地产，属于土地增值税的应税范围，以继承、赠与方式无偿转让房地产，不属于应税范围，而介于有偿转让和继承、赠与之间的各种房地产权属转移行为，包括非继承、赠与的无偿转让，以及非转让的房地产权属转移行为，应当归入应税范围抑或不征税范围，则存在很大的争议。即便采用扩大解释方法，将有偿转让理解为有偿权属转移，也仍然不能涵盖事业单位国有资产无偿划转。实践中，因法律解释很难突破“有偿”限定，将无偿划转列入应税范围存在很大障碍，基于税收法定原则的考虑，税务机关的主流观点是认为事业单位国有资产无偿划转不属于土地增值税应税范围。
（四）契税：符合条件免征
契税是四个税种中，唯一对国有资产的无偿划转作出特别规定的税种。根据《关于继续执行企业事业单位改制重组有关契税政策的公告》（财政部 税务总局公告2021年第17号）第六条，“对承受县级以上人民政府或国有资产管理部门按规定进行行政性调整、划转国有土地、房屋权属的单位，免征契税”。因此，在契税方面，事业单位国有资产无偿划转真正做到了有“明确的”法律依据，这种明确性体现在不需要作法律解释，也法律适用中也几乎不会产生争议。
